Еволюция

В контраст на растения и животни, ранните фосилни находки на гъбите са оскъдни. Факторите, които вероятно допринасят за по-малкото представителство на гъбните видове, сред вкаменелости включват естеството на гъбните плодни тела, които са меки, месести от лесно разграждащи се тъкани, с микроскопични размери на повечето гъбни структури. Гъбните фосили са трудни за разграничаване от тези на други микроорганизми и най-лесно се идентифицират, когато приличат на днешните гъби

Най-ранните фосили, притежаващи характеристики, типични за гъби се отнасят към протерозойния еон, преди около 1430 милиона години (Ma); тези многоклетъчни бентосни организми са с нишковидна структура с прегради и са способни на анастомоза. По-скорошни проучвания (2009) оценяват появата на гъбни организми на около 760-1060 Ма въз основа на сравнение на скоростта на отделяне на тясно свързаните групи. През голяма част от палеозойската ера (542-251 Ма), гъбите изглежда са били водни и се състоят на организми, подобни на днешните Chytridiomycota по спорите снабдени с камшиче. Еволюционната адаптация от воден към наземна начин на живот налага разнообразяването на екологичните стратегии за получаване на хранителни вещества, включително паразитизъм, сапрофитство и развитието на мутуалистични отношения като микориза и лишеи. Последните (2009) проучвания показват, че екологичното състояние на предците Ascomycota е сапрофитство, и че формирането на лишеи са настъпили няколко пъти независимо едно от друго.

Гъбите вероятно колонизират земята, през камбрий (542-488.3 Ma), дълго преди сухоземните растения.Вкаменени хифи и спори от ордовик, Уисконсин (460 Ма) приличат на съвременните Glomerales и са съществували в момент, когато земната флора вероятно се е състояла от неваскуларни бриофито-подобни растения. Prototaxites, най-вероятно гъби или лишеи, са били най-високите организма на края на силур. Гъбните вкаменелости не са типични и безспорни до началото на девон (416-359.2 Ma), когато са в изобилие, най-вече представени от Zygomycota и Chytridiomycota.Приблизително по същото време, около 400 Ма, Ascomycota и Basidiomycota се разделят, а всички съвременни класове гъби се представят до късния карбон (Пенсилвания, 318.1-299 Ма)